La organización de los grupos está en función del tipo de niños/as. No se parte de una organización tipo ni se trata de una mera yuxtaposición, sino que se establece en función de las personas que lo integran, buscando que cada uno tenga una entidad propia y funcione como tal grupo, esto es, como algo más que la suma de elementos.

Las cinco unidades presentes en el Centro se distribuyen en dos zonas. En una de ellas hay dos grupos que ocupan aulas contiguas, y en la otra tres. De esta forma se constituyen dos unidades amplias para algunos aconteceres institucionales. En ellas se combina el modelo familiar nuclear con el de la familia extensa y/o apertura al mundo extrafamiliar.

La composición de los grupos es flexible, esto supone que en ocasiones uno o varios alumnos de un grupo determinado pueden trabajar en otro grupo, cuando las circunstancias personales o grupales así lo aconsejan.